ロードアベレージ下がってきたのでもう大丈夫だと思います。

elasticsearch入れてるインスタンスが落ちてる -> elasticsearch が起動しなかった -> エラーメッセージがたまってディスク使用率が100% にのコンボでした。しかも、ちょうどめっちゃ集中して本読んでて気づかなかった。