@cassis_charlotte こんばんは！参考になるかわかりませんが

メイン倉庫：消耗品、W倉庫に入れられない属性武器
サブ倉庫1：収集品
サブ倉庫2：一時的に脱いだり着たりする装備を一式放り投げる場所、課金アイテム・チケットっぽいもの
サブ倉庫3：ジョブストーン目当てで購入した職パッケの装備の山（アカウントに紐づくもの）
W倉庫：W倉庫に入れられる防具・武器すべて、B鯖で売り買いしたもの・したいもの、トレーダーにアイテム化してもらったお金

な感じで置いてます。
並び順の位置は意識していませんが似通った物はなるべく並ぶ様に手動で並び替えしています。