公式にもある通り、ミミミでは三次職である限りBase200になっていてもBase経験値をもらえます。
通常はあまり意味がありませんが、ホムンクルス育成中のジェネには意味があります：ミミミのミッションでホムンクルスの経験値を稼げるため。ジェネになって「より効率のいいマップ」を目指すのもよいですが、超級x枠のMDは（誰かに連れて行ってもらうとかも含めて）やるのがいいんじゃないかと思いました。