@kuura
シャドウ以外のボスが湧いている場合も確か前マップ攻略済み（WP出現済み）状態で再作成すると消えてしまったと思います。
（その時点ですでに次マップが作成されているためかと思います）
帰宅するのであれば５階層ごとのボス討伐時か各マップクリア前にすると良かったと記憶しています。