時折2階を飛ばして3階に繋がることがありましたが、自分の確認した範囲では1階に2階の敵も両方出て来る時に発生するっぽい？
この時に2パターン実験しました

①1階に元々出る敵を全滅させるとWPが開くエフェクトと音が鳴り、その後2階に出るはずの敵を全滅させるともう一度WPが開くエフェクトと音が鳴り、WPに入ると3階に出る

②2階に出るはずの敵を全滅させてもWPは開かず、残った1階にでる敵を全滅させるとWPが開くエフェクトと音が2回ずつ発生し、WPに入ると3階に出る

おそらく①の時に2階に出るはずの敵を全滅させないままWPを通ると2階に繋がり2階の敵を全滅させても敵は居ないのにWPが開かず、石像で再生成をすると3階にでます
（1階にいる2階の敵が残ってる判定で2階のWPがでない処理になってしまう？）
2階でWPが開かない現象に遭遇したことのある人は1階のMOBが多いと思った時には完全に処理したのを確認してからWP通過で回避出来るような気がします