あとは公式サイトにも記述がある通り探索終了を宣言する前に必ず探索エリアにいないとフラグなくなります
探索エリアとはMD入場してすぐのきのこが確認できるところではなくその先の中央通路からになります
最初の入場時に確認ウィンドウが出るその先からが探索エリア