直接的な原因はわかりませんが、アクセス過多が高負荷の原因のように見えますので、とりあえず2台構成にしましたが、そもそもしょぼいVMなのでちょっとマシになった程度でしょうか。

検索機能は止めていますが、あったほうが早そうなので近いうちに復活させる予定です。

1時間で同じIPから1000以上アクセスがあった場合はアクセス制限する場合もあります。
APIのみ制限しているので、ログインは出来るはず。ただし過去ログ読めないから届かないかな。
で、大体した結果が画像です。
Botとか色々Denyしてますが、それでもちょっと多すぎじゃないかな・・・。