ウィンドウスナップ(画面境界や他ウィンドウにひっかける機能)をON/OFFさせる「/wi」がON状態でログアウトするとウィンドウ位置が再ログイン時にずれることが何度かあった気がします。
なのでログアウトする前に「/wi」をOFFにしたら何とかなったりしませんかね。おま環の可能性もあるので違ったらすいません。