メンテ後の初回起動で、ＳＣは前の設定のまま動作したのが、一度落として立ち上げなおしたら全部初期化されたので、
「初回は動作してたよね？」と思って、「savedata」フォルダのバックアップしてた中身を書き戻したら、自分の設定で起動できました。
今のところ、終了して立ち上げなおしてもちゃんとなってます。
あらかじめのバックアップファイルが必要だけど。
手書きでファイル作れるかもだけど、その辺は詳しい人お願いします。
（たぶん「UserKeys.lua」ファイル？）